Mortal Kombat 2 menceritakan pertempuran pamungkas antara para pejuang Earthrealm (Bumi) dan Outworld. Setelah kekalahan di film pertama, penguasa Outworld, Shao Kahn (Martyn Ford), kini menyelamatkan Shang Tsung dan menggelar turnamen Mortal Kombat ke-11 di wilayahnya sendiri. Turnamen ini memaksa para juara Bumi—termasuk petarung baru Johnny Cage—berjuang keras menghadapi ancaman kekuatan gelap Outworld yang kini mendominasi.